Sekretariat Daerah Kota Balikpapan merupakan salah satu Perangkat Daerah Kota Balikpapan yang mempunyai tugas dan kewajiban membantu Wali Kota dalam menyusun kebijakan dan pengkoordinasian administratif terhadap pelaksanaan tugas Perangkat Daerah dan lembaga lainnya serta pelayanan administratif.

Susunan organisasi, uraian tugas dan fungsi Sekretariat Daerah diatur dalam Peraturan Wali Kota Balikpapan Nomor 51 Tahun 2016 tentang Susunan Organisasi, Uraian Tugas dan Fungsi Sekretariat Daerah.

Sebagai unsur staf, Sekretariat Daerah dipimpin oleh Sekretaris daerah dibantu oleh 3 orang Asisten, antara lain:

  1. Asisten Tata Pemerintahan yang membawahi Bagian Pemerintahan, Bagian Hukum, Bagian Perkotaan dan Bagian Humas dan Protokol
  2. Asisten Perekonomian, Pembangunan dan Kesejahteraan Rakyat, yang membawahi Bagian Perekonomian, Bagian Administrasi Pembangunan, Bagian Pengadaan Barang dan Jasa, dan Bagian Kesejahteraan Rakyat
  3. Asisten Administarasi Umum, yang membawahi Bagian Organisasi, Bagian Keuangan, dan Bagian Umum dan Perlengkapan.
Berikut daftar nama Sekretaris Daerah Kota Balikpapan:
 
No    Nama                                              Periode                       
1. Pieter Marthinus Lilipaly 1962 - 1973
2. Awang Faisjal Ishak 1973 - 1976
3. Achmad Ramli 1978 - 1984
4. Drs. Moesmin Soehondo 1984 - 1985
5. H. Hermain Okol 1985 - 1991
6. H. Imdaad Hamid, SE 1991 - 1998
7. Drs. Idham Kadir 1998 - 2005
8. H. Heru Bambang, SE 2006 - 2011
9. Drs. Sayid MN Fadli, M.Si 2011 - sekarang